毎月の約定返済日が月初の場合、新金利が決まってから特約期間終了日までの期間が短くて、再設定手続が間にあわないのではないでしょうか

住宅ローンの金利は後払となっておりますので、実際に新しい金利でのご返済が開始されるのは、現在の固定金利特約期間終了日の属する月の翌月の約定返済日からとなります。
固定金利特約期間の再設定手続を、特約期間終了日を経過した後でも、特約期間終了日の属する月のうちに行っていただければ、その月の固定金利特約金利が、翌月返済分より適用されます。